Ingénieur de Recherche – développement d'outils d'analyse et de visualisation des répertoires Immunoglo — CNRS

Missions :

Analyses de la diversité du répertoire des récepteurs d’antigènes des cellules B et T, développements d’outils de visualisation interactifs des résultats d’IMGT/HighV-QUEST.

Activités :

Analyse des répertoires exprimés des immunoglobulines et des récepteurs T avec IMGT/HighV-QUEST

• Extraction des informations pertinentes : profils d’expression des gènes et allèles, analyse détaillée des jonctions, caractérisation des mutations somatiques
• Développement d’outils de visualisation des résultats d’IMGT/HighV-QUEST destinés à être publiés sur le site Web d’IMGT
• Développement de l’outil StatMutations
• Principal interlocuteur de la collaboration avec ImmGenT, responsable des analyses, des échanges et des travaux de valorisation
• Implication dans les développements bioinformatiques IMGT développés dans le cadre la contribution d’IMGT dans l’IHU Immun4cure
• Présentation d’IMGT dans les congrès et les workshops

Contexte de travail :

Système d’information IMGT®, the international ImMunoGenetics information system certifié ISO 9001:2015 and NFX 50-900:2016, qui est la référence en immunogénétique et immunoinformatique. Laboratoire de la Professeure Sofia Kossida (20 personnes) qui fait partie de l’Institut de Génétique Humain, IGH, UMR 9002 CNRS - Université de Montpellier. Développements d’outils en immunogénétique et immunoinformatique, et de partenariats/collaborations nationales et internationales.

L' IGH est situé sur le campus Arnaud de Villeneuve, partie prenante du programme Objectif Employeur Pro-Vélo.

Competences :

• Savoirs / connaissances

Recueil, analyse et traitement des données issues du séquençage haut-débit, (connaissance approfondie)

Bio- Informatique appliquée (connaissance approfondie)

Connaissances approfondies en immunogénétique et immunoinformatique

Langue anglaise : C1

• Savoir-faire

Expertiser : rechercher, comparer, identifier, décrire les répertoires exprimés des immunoglobulines et des récepteurs T, mettre à disposition de ces données, des analyses et interprétations des résultats

Développement en langage Python et R

Savoir gérer ses projets sous Redmine

Collaborer avec le personnel de l’équipe (multidisciplinarité) et avec les partenaires nationaux et internationaux d’IMGT

Communiquer : valoriser, donner une visibilité, rédiger

• Savoirs-être

Travailler en équipe

Etre à l’interface de plusieurs projets

Savoir être à l’écoute des utilisateurs et collaborateurs nationaux et internationaux d’IMGT

Savoir représenter IMGT dans les congrès et workshop

Contraintes et risques :

Travail exclusivement sur ordinateur.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international.

Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.

Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

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