Ingénieur-e d’études en microbiologie — Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement

Votre mission s’inscrit dans le cadre du projet BIO-COMB-SEPSIS, financé par l’IHU SEPSIS et coordonné par le Dr Romain Briandet au sein de l’unité Micalis (INRAE), située au centre INRAE Île-de-France, à Jouy-en-Josas – Antony. Ce projet vise à identifier et à optimiser des combinaisons de molécules repositionnées capables d’éliminer les biofilms matures de Pseudomonas aeruginosa, impliqués dans les infections secondaires associées au sepsis. L’objectif est de développer des stratégies permettant de réduire la biomasse des biofilms, d’éliminer les bactéries viables et de limiter la dissémination bactérienne, tout en évaluant la compatibilité des traitements avec les cellules épithéliales pulmonaires et leur impact sur la réponse inflammatoire.

Sous la responsabilité scientifique du Dr Romain Briandet et du Dr Tania Kamwouo, vous travaillerez en étroite collaboration avec les équipes B3D, ProBihôte et ProCed de Micalis, qui associent des compétences complémentaires en microbiologie des biofilms, biologie moléculaire bactérienne, imagerie et étude des interactions hôte-pathogène.

Votre mission consistera à évaluer l’activité de molécules candidates et de leurs combinaisons sur des biofilms matures de P. aeruginosa, puis à caractériser leur efficacité dans des modèles microbiologiques et cellulaires plus proches du contexte clinique. Vous contribuerez à la production et à l’analyse de données permettant d’identifier les stratégies anti-biofilm les plus prometteuses.

Vos principales activités seront :

• Évaluer l’activité anti-biofilm de molécules candidates sur la souche de référence P. aeruginosa PAO1 et sur différents isolats cliniques, notamment des souches résistantes aux antibiotiques
• Mettre en oeuvre des protocoles d’évaluation de combinaisons de molécules à activités bactéricides et dispersives, afin d’optimiser leur efficacité contre les biofilms matures
• Quantifier la biomasse résiduelle, la viabilité bactérienne et le relargage de bactéries viables à l’aide de méthodes microbiologiques adaptées
• Évaluer les molécules et combinaisons sélectionnées sur différents supports, notamment des matériaux représentatifs de dispositifs médicaux et des hydrogels mucoïdes
• Participer à l’étude des interactions entre P. aeruginosa et les cellules épithéliales pulmonaires, en évaluant la viabilité cellulaire et la réponse inflammatoire après traitement
• Contribuer à la caractérisation des effets des traitements sur l’architecture des biofilms et la physiologie bactérienne, notamment par des approches de microscopie et d’imagerie de fluorescence
• Analyser et interpréter les résultats expérimentaux, assurer la traçabilité des données et participer à la rédaction de rapports, de présentations et de communications scientifiques
• Participer aux réunions scientifiques et aux échanges avec les équipes partenaires afin de discuter des résultats et de contribuer à l’avancement du projet

Formation recommandée :

Master 2, diplôme d’ingénieur ou formation équivalente en microbiologie, microbiologie médicale, biologie cellulaire, biotechnologies, physiologie bactérienne ou discipline apparentée.

Connaissances souhaitées :

• Microbiologie expérimentale et physiologie bactérienne
• Biologie de Pseudomonas aeruginosa et connaissances générales sur les bactéries opportunistes
• Formation et caractérisation des biofilms bactériens
• Méthodes de quantification de la croissance et de la viabilité bactériennes, notamment par dénombrement des UFC
• Principes d’évaluation de l’activité antimicrobienne et de combinaison de molécules
• Culture cellulaire et notions relatives aux interactions entre microorganismes et cellules hôtes
• Notions de cytométrie de flux, de microscopie confocale et d’imagerie de fluorescence
• Notions de biologie moléculaire et de physiologie bactérienne
• Analyse quantitative et représentation graphique de données biologiques
• Anglais scientifique écrit et oral

Expérience appréciée :

Une expérience en microbiologie expérimentale, en culture bactérienne et en évaluation de l’activité antimicrobienne sera particulièrement appréciée.

Une expérience dans l’un ou plusieurs des domaines suivants constituera un atout :

• Étude des biofilms bactériens et de leur réponse aux traitements
• Travail sur des isolats cliniques ou des bactéries résistantes aux antimicrobiens
• Culture de cellules épithéliales et études d’interactions hôte-pathogène
• Microscopie confocale, imagerie de fluorescence ou analyse d’images
• Analyse statistique et traitement de données expérimentales
• Travail en environnement collaboratif et pluridisciplinaire

Aptitudes recherchées :

• Rigueur expérimentale et sens de la qualité
• Capacité à organiser et conduire des expérimentations de manière autonome, dans le respect des objectifs définis
• Esprit critique et aptitude à interpréter des résultats biologiques
• Capacité à travailler en équipe et à interagir avec des interlocuteurs issus de disciplines complémentaires
• Sens de l’organisation, de la planification et de la traçabilité
• Capacité à communiquer les résultats de manière claire, à l’écrit comme à l’oral
• Motivation pour la recherche en microbiologie et pour le développement de nouvelles stratégies de lutte contre les infections bactériennes