Ingénieur / Ingénieure d’étude en bioinformatique H/F — CNRS

Missions :

Ce poste est ouvert dans le cadre du projet ENHANCE (ANR PRC), qui vise à comprendre l’architecture des complexes impliquant des oxydoréductases (OR) associées à des protéines tubulaires (protéines à HMP), chez les procaryotes. Le poste se situe à l’interface entre deux échelles : l’analyse moléculaire et l’étude de l’évolution à grande échelle. La mission consiste en l’élucidation de l’origine évolutive de ces complexes et de leur coévolution mais également en l’identification des déterminants moléculaires nécessaires à la formation des complexes.

Elle vise également à comprendre leur rôle dans un contexte métabolique et écologique.

Activités :

Principales (Responsabilité complète)

• Identification d’homologues, nettoyage des jeux de données
• Analyse phylogénétique
• Analyse corrélative
• Analyse structurale des différents complexes
• Développement de scripts et pipelines
• Documentation des pipelines et des résultats

Secondaires (Contribution/support)

• Collaboration avec les autres tâches du projet (partage de données, participation à la rédaction de rapports)
• Veille scientifique sur les méthodes en phylogénomique et sur les aspects moléculaires

Contexte de travail :

L'ingénieur / L'ingénieure d’études exercera ses missions sous la responsabilité scientifique d’un chercheur spécialisé en bio-informatique et en métabolisme (Pierre Simon Garcia) au sein de l’équipe dirigée par Béatrice Py, au Laboratoire de Chimie Bactérienne (LCB), Marseille. Il.elle s’intégrera au sein d’un consortium financé par l’ANR, réunissant des biologistes et des spécialistes en biologie structurale. Il / elle aura également l’opportunité de suivre des formations afin acquérir de nouvelles compétences nécessaires à sa mission.

Competences :

Techniques (Maîtrise avancée)

Bioinformatique :

• Maîtrise des bases de données génomiques (GTDB, NCBI) et requêtage (BLAST, HMMER)
• Maitrise des outils de phylogénétique (Alignement multiple, trimming, inférence phylogénétique, réconciliation)
• Maitrise des outils de génomique comparative (synténie, clusters d’orthologues)
• Maitrise des outils d’analyse de séquence et de structure (Aliview, PyMOL, AF3)
• Maitrise des outils statistiques (tests statistiques, analyse corrélative)

Programmation et automatisation :

• Python (Biopython, scipy), Bash
• Utilisation de clusters HPC (SLURM)

Transversales (Maîtrise intermédiaire à avancée)

Biologie évolutive, microbiologie et mécanismes moléculaires :

• Concepts de base en biologie évolutive (orthologie/paralogie, transfert horizontal, coévolution, taxonomie)
• Connaissance des métabolismes procaryotes
• Connaissance des aspects structuraux et moléculaires (structure 3D de protéines, biochimie des protéines)

Gestion de projet et collaboration :

• Travail en équipe pluridisciplinaire (biologistes, biochimistes)
• Autonomie dans la résolution de problèmes techniques
• Rigueur scientifique : documentation, reproductibilité, traçabilité
• Rédaction de rapports techniques et présentation de résultats
• Anglais scientifique (niveau C1 : lu, écrit, parlé)

Savoir-être :

• Curiosité intellectuelle, pragmatisme, adaptabilité, esprit d’initiative

Contraintes et risques :

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international.

Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16 000 chercheurs et plus de 16 000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.

Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

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