Chargé de recherche/ post-doctorant en épidémiologie et santé des élevages — Envt · Réf. 2026-2442463

La personne recrutée aura pour mission de :

• mettre en œuvre et optimiser une stratégie d’échantillonnage, intégrant

notamment des prélèvements environnementaux, adaptée à la détection

précoce des agents pathogènes en pisciculture, et plus particulièrement

des virus ;

• analyser les données métagénomiques
• comparer les méthodes de préparation des acides nucléiques et de

séquençage dans le cadre de la détection métagénomique à haut débit ;

• participer à la définition d’une surveillance sensible, robuste et opérationnelle applicable aux élevages piscicoles
• valoriser les résultats obtenus, notamment par la participation à la rédaction de publications scientifiques, la préparation de communications et la contribution aux rapports de recherche

Missions à exercer :

Participer au projet PRISM-E2 au sein de l’UMR 1225 en lien avec les cadres

scientifiques de l’équipe VIRAL :

• Participer à l’organisation et à la réalisation des campagnes d’échantillonnage

sur les sites piscicoles ;

• Comparer les performances de détection d’agents pathogènes modèles en

fonction du type de matrice, de la date de prélèvement, de la stratégie

d’extraction et d’enrichissement des acides nucléiques des agents pathogènes

et des techniques de séquençage haut-débit ;

• Mettre en relation les résultats moléculaires obtenus avec les données

zoosanitaires et zootechniques des élevages ;

• Participer à l’harmonisation des protocoles de prélèvement, d’analyse et

d’interprétation en collaboration avec les partenaires PRISM-E2 ;

• Participer à la valorisation des résultats (publications scientifiques,

communication et contribution aux rapport de recherche) ;

• Participer à la démarche qualité de l’équipe

Ce poste s’inscrit dans le cadre du projet de recherche PRISM-E2 (PEPR Elevages

durables), plus précisément dans le volet pisciculture. Le projet sera conduit en étroite collaboration entre l’équipe VIRAL de l’UMR 1225 IHAP et le laboratoire Anses de Plouzané.

Ce projet vise à développer et optimiser des stratégies de surveillance précoce des agents pathogènes en pisciculture, en testant notamment l’intérêt des prélèvements environnementaux et de la détection métagénomique par rapport à des méthodes plus conventionnelles. La méthodologie sera développée en collaboration avec les autres partenaires de PRISM-E2 et notamment avec l’Ifremer, en charge de la partie conchyliculture.

Ainsi, l’UMR 1225 IHAP recrute un chargé de recherche, ou une chargée de recherche, pour une durée de 12 mois afin de conduire ce projet.

La personne candidate évoluera en interaction étroite avec les pisciculteurs et les

collaborateurs scientifiques.