Ingénieur.e de recherche en éco-épidémiologie H/F — Institut de Recherche pour le Développement

Vous serez impliqué.e dans un programme de recherche qui vise à comprendre la plasticité écologique des chauves-souris liée à leur adaptation au milieu urbain, et les conséquences sur les dynamiques d’infection. Pour cela, vous rejoindrez une étude en cours sur le Petit Molosse de La Réunion, une minuscule espèce de chauves-souris insectivore, emblématique et à caractère patrimonial, car elle est le seul mammifère indigène et endémique de l’île. Cette espèce s’est adaptée à l’urbanisation croissante de l’île de la Réunion et colonise aujourd’hui de nombreux habitats urbains.

Elle est également étudiée depuis plusieurs années car elle naturellement infectée par plusieurs agents infectieux à potentiel zoonotique.

Le projet a pour objectif de mesurer comment l’urbanisation peut altérer la physiologie et le comportement des chauves-souris, et en se focalisant sur trois paramètres dans des colonies de Petits Molosses situées dans des habitats plus ou moins urbanisés : les niveaux de stress, la composition du microbiote et celle du régime alimentaire. Pour cela, nous utiliserons des échantillons biologiques qui ont déjà été collectés et sont donc déjà disponibles dans l’unité PIMIT. Nous procéderons également à la collecte de nouveaux échantillons sur le terrain pour compléter l’échantillonnage.

Les conséquences sur l’infection seront analysées à travers l’étude de la prévalence et la charge virale/bactérienne de plusieurs agents infectieux tels que les paramyxovirus, les coronavirus et les bactéries leptospires, dont les dynamiques d’infection sont suivies depuis plusieurs années dans l’unité. Ce projet combinera ainsi des questions d’éco-physiologie, d’écologie microbienne et d’épidémiologie en utilisant des approches de sérologie, biologie moléculaire et bioinformatique.

Sous la direction de Muriel DIETRICH, Chargée de Recherche IRD dans l’UMR PIMIT, les missions seront de :

• mesurer les niveaux de stress (quantité de cortisol) dans les urines de chauves-souris, par une méthode sérologique (kit ELISA commercial)
• caractériser le microbiote bactérien et le régime alimentaire à partir des fèces de chauves-souris (préparation des échantillons en laboratoire et analyse bioinformatique), grâce à des techniques de séquençage au débit permettant de mesurer la diversité et la composition des communautés bactériennes et celles d’insectes consommées
• mesurer la charge virale et bactérienne par PCR pour plusieurs agents infectieux
• participer au terrain pour la collecte de nouveaux échantillons
• analyser avec des méthodes biostatistiques les variations spatio-temporelles du stress, du microbiote bactérien, du régime alimentaire et de l’infection, en relation avec le niveau d’urbanisation des colonies de Petits Molosses

L’UMR PIMIT (Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical) a une vocation régionale et déploie des recherches multidisciplinaires pour mieux comprendre et prévenir les risques infectieux endémiques et émergents dans les îles du sud-ouest de l’océan Indien et les pays environnants. Sa localisation privilégiée au cœur d’un point chaud de biodiversité, d’un carrefour humain entre continents et d’une région très sensible aux changements climatiques et environnementaux propice aux émergences infectieuses offre des opportunités de réalisation d’activités de recherche et de formation au plus proche et répondant aux besoins des terrains du sud.

L’unité travaille sur la diversité et la dynamique de transmission des agents infectieux chez les réservoirs animaux de la faune sauvage, en particulier les chauves-souris. Pour cela, une des activités essentielles de l’unité est le suivi écologique des populations de chauves-souris en milieu naturel et la collecte d’échantillons biologiques.

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