Ingénieur spécialisé dans la préparation et l'exploitation des données des bases médico-administratives — Université Paris Cité

Résumé du poste

Ce poste est principalement dédié aux travaux de recherche sur la santé de l'enfant développés par l'équipe de recherche OPPaLE du CRESS. Il est centré sur l'exploitation des données de santé du SNDS chaînées aux études de cohortes. En complément de l'activité exercée avec les chercheurs et ingénieurs de l'équipe OPPaLE, le poste a aussi vocation à améliorer l'expertise et le savoir-faire nécessaires à l'exploitation des données du SNDS, en lien avec les ingénieurs de France Cohortes et des équipes de recherche travaillant avec France Cohortes (Sites internet : https://cress-umr1153.fr/ et https://francecohortes.org/).

La mission consiste à intégrer vérifier, mettre en forme, traiter et documenter les données

Les activités sont principalement développées au sein de l'équipe OPPaLE du CRESS, dédiée à la recherche sur la santé périnatale et la santé de l'enfant. - Mettre en oeuvre des travaux de recherche sur les déterminants des cancers pédiatriques et sur les conséquences à long terme des cancers et de leurs traitements à partir des données de cohortes et du SNDS, - Rechercher, mettre en œuvre, ou développer des outils de traitement des données du SNDS (ex. algorithme de simplification, de nettoyage, ou d’identification de pathologie), - Mettre en œuvre et participer à l’automatisation des contrôles de cohérence à partir des différentes sources de données, à l’aide des outils d’intégration de France Cohortes, - Assurer la traçabilité des programmes, rédiger les notes méthodologiques correspondantes, documenter les données issues des traitements, - Mettre à disposition les outils (programmes, algorithmes, notes méthodologiques) à l'ensemble des chercheurs et de la communauté scientifique à travers France Cohortes - Participer, via France Cohortes, au développement d’une expertise interne et externe au CRESS sur l’exploitation des données du SNDS, partager et faire progresser son expertise sur les données de santé, et contribuer à l'effort collectif d'amélioration des compétences et du savoir-faire nécessaires à l'exploitation des données SNDS. - Participer à différents groupes de travail mis en place par le CRESS et France Cohortes pour ce partage d'expertise

L’agent sera officiellement affecté à l’Unité mixte de service France Cohortes. Son activité opérationnelle sera majoritairement dédiée et géographiquement située au sein d’une équipe de recherche du CRESS dans le cadre de projets associés à des cohortes s’appuyant sur les services de France Cohortes. Durant une période de 3 mois, l’agent travaillera au moins 2 jours par semaine au sein de la cellule centrale de France Cohortes pour s’inscrire dans la démarche de mutualisation des services.

Puis il consacrera un minimum d’une journée par semaine en cellule centrale pour veiller à la coordination de ses activités avec France Cohortes. L’évaluation annuelle se fera avec le référent France Cohortes et le référent dans la cellule de site du CRESS.

Connaissances

• Excellente maîtrise des langages informatiques pour l’exploitation des bases de données relationnelles complexes (SQL) et tabulaire (csv et/ou Parquet), Maitrise des logiciels SAS, R et/ou Python, - Connaissance générale des données de santé et de l’épidémiologie, - Connaissance des problématiques liées à la qualité des données et des principes FAIR

Savoir-faire – Compétences opérationnelles

• Expérience de data management sur données complexes - Expérience du traitement des données SNDS - Bonnes capacités rédactionnelles et documentation des procédures

Savoir-être – Compétences comportementales

• sens de l'organisation, - rigueur, - aptitude au travail d'équipe

Niveau de diplôme souhaité

Niveau I - Bac+5, Master, diplôme d'ingénieurs ou diplôme équivalent et Bac+8 Doctorat ou diplôme équivalent

Structurée sous forme d’une unité mixte de services (UMS) sous plusieurs tutelles académiques (dont l'Inserm et l'université Paris-Cité), France Cohortes est une plateforme nationale de services aux cohortes, inscrite sur la feuille de route nationale des infrastructures de recherche. Elle apporte aux cohortes des services mutualisés sur les aspects réglementaires, les systèmes d'information, et les outils, méthodes et standards de production, diffusion et exploitation de données.

Pour apporter ce support, l'UMS dispose, en plus de sa cellule centrale, de cellules de sites localisées au sein des centres de recherche hébergeant les cohortes. La cellule de site de rattachement de ce poste sera la cellule de site du CRESS, dirigé par Isabelle Boutron, PU-PH à l'Université Paris Cité et plus particulièrement l'équipe OPPaLE du CRESS, dirigée par Pierre-Yves Ancel. Le poste sera principalement consacré au suivi épidémiologique des enfants ayant eu un cancer en France depuis l'année 2000, à partir d'une cohorte nationale appariée au SNDS.